連番になっているファイル（シーケンス）は、AfterEffectsではそのまま動画として読み込むことができますが、
ffmpegを使えば、動画ファイルに変換することが可能です。
コマンドラインにて、以下のように ffmpeg を実行します。
ffmpeg -i 連番ファイルのシーケンス -vcodec コーデック -q 0 出力ファイル
例えば以下のようにすると、６桁の連番ファイルが、huffyuv コーデックにて、video_output.avi というファイルになります。
ffmpeg -i "C:\videotemp\%06d.jpg" -vcodec huffyuv "C:\videotemp\video_output.avi"
６桁ですと、入力として、000001.jpg 000002.jpg 000003.jpg ... のようなファイルが必要です。
ちなみに、連番の途中からのファイルではうまく行きませんでした。
例えば、000009.jpg ～ は受け付けましたが、000010.jpg ～ はエラーとなりました。
同じく、以下のようにすると Motion JPEG にてエンコードされます。
-q 0 のところは圧縮の品質設定です。値を大きくすると圧縮率が高くなり、画質が落ちます。
ffmpeg -i "C:\videotemp\%06d.jpg" -vcodec mjpeg -q 0 "C:\videotemp\video_output.avi"
逆に、動画を画像（静止画）として出力するには、
ffmpeg -i video_input.AVI -f image2 -vcodec bmp image%06d.bmp
のようにします。
しかし、AfterEffects にてシーケンス（連番）のbitmap を読み込もうとするとエラーとなったので、
その場合は、Imagemagick にて、一度 png に変換し、AfterEffects にて、png シーケンスとして読み込むと
問題なく読み込むことができました。
magick.exe mogrify -format png *.bmp
そもそも、最初から、ffmpeg にて静止画に出力する際に png を指定すると、
それをそのまま AfterEffects で png シーケンスとして読むことができました。
ffmpeg -i video_input.AVI -f image2 -vcodec png image%06d.png
以上で説明は終了です。
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