連番になっているファイル（シーケンス）は、AfterEffectsではそのまま動画として読み込むことができますが、
ffmpegを使えば、動画ファイルに変換することが可能です。
コマンドラインにて、以下のように ffmpeg を実行します。
ffmpeg -i 連番ファイルのシーケンス -vcodec コーデック -q 0 出力ファイル
例えば以下のようにすると、６桁の連番ファイルが、huffyuv コーデックにて、video_output.avi というファイルになります。
ffmpeg -i "C:\videotemp\%06d.jpg" -vcodec huffyuv "C:\videotemp\video_output.avi"
６桁ですと、入力として、000001.jpg 000002.jpg 000003.jpg ... のようなファイルが必要です。
同じく、以下のようにすると Motion JPEG にてエンコードされます。
-q 0 のところは圧縮の品質設定です。値を大きくすると圧縮率が高くなり、画質が落ちます。
ffmpeg -i "C:\videotemp\%06d.jpg" -vcodec mjpeg -q 0 "C:\videotemp\video_output.avi"
逆に、動画を画像（静止画）として出力するには、
ffmpeg -i video_input.AVI -f image2 -vcodec bmp image%06d.bmp
のようにします。
以上で説明は終了です。
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